Les conditions d’indemnisation des agents de la fonction publique territoriale (FPT) en arrêt maladie ont changé depuis mars 2025. Quels sont les types de congés possibles en cas de maladie ou d’accident ? La rémunération peut-elle être maintenue ?
Sommaire
Les différents types d’arrêts maladie dans la fonction publique territoriale
Les agents de la fonction publique territoriale (FPT) peuvent bénéficier de différents arrêts de travail en cas de maladie ou d’accident :
| Congé de maladie ordinaire | Congé de longue maladie | Congé de longue durée | Congé pour invalidité temporaire imputable au service |
|---|---|---|---|---|
Dans quel cas ? | Maladie ou accident hors du temps de travail | Maladie grave et invalidante nécessitant un traitement et des soins prolongés | Cancer, maladie mentale, déficit immunitaire grave et acquis, tuberculose ou poliomyélite | Accident de travail, accident de trajet ou maladie professionnelle |
Démarches | L’avis d’arrêt de travail est à adresser à l’employeur dans les 48 heures (volets n°2 et 3). L’arrêt maladie peut être renouvelé par le médecin. | Le CLM est accordé après avis du conseil médical et renouvelé par période de 3 à 6 mois. Si la demande de CLM est effectuée pendant un CMO et accordée, le CMO est requalifié en CLM à partir du 1er jour de la maladie. | Le CLD est accordé après avis du conseil médical et attribué à la fin de la première année passée en CLM. Le CLD est accordé et renouvelé par période de 3 à 6 mois. | L’agent doit effectuer : Si un arrêt de travail a été établi, l’agent doit informer son employeur dans les 48 heures. |
Durée maximale | 12 mois consécutifs | 3 ans | 5 ans (en continu ou discontinu) | Aucune |
La rémunération pendant un arrêt maladie dans la fonction publique territoriale
En cas d’arrêt maladie, la rémunération d’un agent de la fonction publique territoriale (titulaire ou stagiaire) peut être maintenue, sous conditions :
| Congé maladie ordinaire | Congé longue maladie | Congé longue durée | Congé pour invalidité temporaire imputable au service |
|---|---|---|---|---|
Traitement indiciaire | • 90 % pendant les 3 premiers mois ; Les droits de l’agent sont étudiés en fonction des jours d’arrêt déjà accordés au cours des 12 derniers mois. À chaque nouvel arrêt, 1 jour de carence est appliqué. | • 100 % pendant 1 an ; • 50 % pendant 2 ans. | • 100 % pendant 3 ans ; • 50 % pendant 2 ans. | 100 % |
Primes et indemnités : | 90 % pendant 3 mois, |
1 an à 100 % | Versement suspendu | Versement suspendu |
Supplément familial de traitement (SFT) et indemnité de résidence (IR) | 100% | 100% | 100% | 100% |
Autres | Conditions fixées par délibération de la collectivité employeur | |||
L’arrêt maladie des agents contractuels de la fonction publique territoriale
La rémunération d’un agent contractuel de la fonction publique territoriale en arrêt maladie peut être maintenue s’il remplit les conditions d’ancienneté. Chaque arrêt donne lieu à un jour de carence non rémunéré.
| Congé de maladie ordinaire | Congé de maladie grave | Congé pour accident du travail ou maladie professionnelle | |
|---|---|---|---|
Condition d’ancienneté | Au moins 4 mois | Au moins 3 ans | Aucune |
Traitement indiciaire | Après 4 mois d’ancienneté : Après 2 ans d’ancienneté : Après 3 ans d’ancienneté : | • 100 % pendant 1 an ; | • 1 mois à 100 % ; |
Primes et indemnités | 100 % | 100 % | 100 % |
Autres | Conditions fixées par délibération de la collectivité employeur | ||
Bon à savoir :
Une fois la période de rémunération par l’employeur épuisée, l’agent contractuel reçoit uniquement les indemnités journalières pour maladie de la Sécurité sociale, s’il y a droit.
Le rôle de la complémentaire en cas d’arrêt maladie dans la fonction publique territoriale
Les agents de la fonction publique territoriale n’ont pour l’instant pas l’obligation de souscrire une complémentaire santé ou un contrat de prévoyance. Pourtant, souscrire à une mutuelle est fortement recommandé pour bénéficier d’une bonne couverture en cas de coup dur.
La complémentaire santé
Si vous choisissez de souscrire une mutuelle santé labellisée, votre employeur public peut prendre en charge une partie de votre cotisation. Cette participation deviendra obligatoire à partir du 1er janvier 2026, pour un montant fixé à 15 € par mois minimum.
La Mgéfi, mutuelle du groupe Matmut, est labellisée et dédiée aux agents publics territoriaux. Grâce à elle, vous bénéficiez de nombreux avantages :
- 4 niveaux de couverture pour répondre parfaitement à vos besoins et à ceux de votre famille ;
- Un contrat modulable qui vous permet de réaliser jusqu’à 20 % d’économies sur votre cotisation en renonçant aux garanties dont vous n’avez pas besoin (lentilles, cures thermales, médecines douces, chambre particulière dans un établissement hospitalier…) ;
- De nombreux services utiles pour faciliter votre quotidien (plateforme de téléconsultation médicale, assistance disponible 7 j/7 et 24 h/24, plateforme digitale de services santé, réseaux de soins conventionnés…) ;
- Une mutuelle d’action sociale (MASFIP) pour vous aider en cas de problème social ou familial.
La complémentaire prévoyance
Affrontez plus sereinement les aléas de la vie et protégez vos proches grâce aux différentes garanties de prévoyance (décès, invalidité, dépendance) proposées par la Mgéfi. Vous profiterez ainsi d’une couverture complète au quotidien.
Et, parce qu’en tant qu’agent territorial, les primes peuvent constituer une partie importante de vos revenus, la Mgéfi vous propose également une garantie complémentaire à même de maintenir vos primes en cas d’arrêt maladie ou d’accident.
La Matmut vous accompagne
La Mgéfi, mutuelle du groupe Matmut, couvre les agents publics territoriaux avec une complémentaire santé labellisée.